Методическая деятельность лицея направлена на развитие творческого потенциала учащихся и педагогов.
Основные цели методической работы.
1. Создание условий для личностного, социального, коммуникативного и познавательного развития личности обучающегося и полной самореализации каждого лицеиста.
2. Содействие повышению качества образования в условиях перехода на федеральные государственные образовательные стандарты.
3. Совершенствование организации учебно-воспитательного процесса.
4. Содействие инновационной работе педагогов и оказание помощи учителям в реализации принципов инновационных и методических приемов обучения и воспитания.
5. Внедрение в практику работы лицея  достижений передового педагогического опыта.
6. Поддержка творчески работающих учителей и создание условий для распространения их опыта на разных уровнях.

    Методическая работа в лицее проводится по следующим направлениям:
аттестация педагогических кадров;
информационно – аналитическая  деятельность;
методическая деятельность;
организация самообразования педагогов;
организация деятельности методических объединений учителей предметников и классных руководителей, воспитателей, педагогов дополнительного образования;
обобщение, распространение передового педагогического опыта;
контрольно – регулирующая деятельность.

В лицее функционирует научно-методический совет, методические объединения, проблемные творческие группы, система наставничества.

Повышению квалификации и профессионального мастерства каждого педагога способствует работа над индивидуальной (научно-практической, опытно-экспериментальной) и единой методической темой лицея, представляющая целый комплекс мероприятий, базирующихся на достижениях науки, передового педагогического опыта.
При индивидуальной работе методическую тему определяет сам педагогический работник. Срок работы над темой определяется в зависимости от сложности и объема работ и может составлять от 1 года до 3-х лет. Работа над методической темой состоит из четырех основных этапов:

планово-аналитический (анализ затруднений в педагогической практике, выявление противоречий, определение темы, планирование работы);
теоретическое исследование проблемы (работа с методической литературой, работа с Интернет-ресурсами, посещение конференций, семинаров, мастер-классов, дистанционное обучение и консультирование и т.д.);
практическая отработка необходимых технологий, приемов, методов обучения и т.д.;
подведение итогов работы над темой, систематизация, обобщение и представление опыта.

Ключевая задача методической и инновационной работы – это развитие инновационного потенциала педагогов. За последние два года педагогический коллектив работал над методическими темами:
Создание пространства для совершенствования языковой разговорной практики (английский язык) через привлечение иностранных волонтеров при взаимодействии с ОО ТРО «Айсик».
Результаты: интерактивные культурно-образовательные мероприятия на английском языке (лекции о культурной и экономической жизни своей страны, праздники, экскурсии, творческие посиделки), образовательные курсы для учеников «IT и молодежь» и «Молодые и перспективные», творческие уроки.

Речевая деятельность как фактор развития познавательных способностей (2013-2015 уч.г.).
Результат: выступления учителей на педагогическом совете, проведение мастер-классов, разработаны инструкции для учеников по работе с текстом на конкретном предмете.

Методическое сопровождение образовательной робототехники в Томской области.
Результат: проведение ежемесячных вебинаров «Образовательная робототехника в Томской области».

Использование технологий разноуровневой дифференциации на уровне основной школы в условиях ОГБОУ «ТФТЛ» (2015-2016 уч. г.).
Результат: апробация стратового обучения в 8, 9 классах.

С марта 2015 г. ТФТЛ является экспериментальной площадкой ТОИПКРО (протокол экспертно-инновационного совета ТОИПКРО от 31.03. 2015 г. № 4) по теме «Обновление содержания образования средствами УМК как условие обеспечения качества естественно-математического образования». Срок реализации: 2015 - 2019 гг.
Результат: описание проекта, план реализации проекта, разработана рабочая программа для 5-6 классов по инновационному проекту УМК «МПИ (Математика. Психология. Интеллект)», календарный тематический план, открытые уроки для учителей математики Томской области в рамках курсов ПК ТОИПКРО.